أعلن مجمّع البحوث الإسلامية في الأزهر الشريف، الاثنين 6-12-2010، "رفضه التام" للتقرير الأمريكي الذي أشار الى عدم وجود حريات دينية في مصر، معتبراً أنه "تدخل سافر غير مقبول" في شؤون مصر ينطوي على سعي الى "تفتيت النسيج الاجتماعي". ونقلت وكالة أنباء الشرق الأوسط المصرية عن محمد رفاعة الطهطاوي، المتحدث الرسمي للأزهر، عقب انتهاء جلسة طارئة بمجمع البحوث الإسلامية لبحث التقرير الأمريكي، "إن المجمع أصدر بياناً رفض فيه كل ما ورد في التقرير الأمريكي في ما يتعلق ببناء المساجد وإقرار الدستور بأن الشريعة الإسلامية هي مصدر أساسي للتشريع وبشأن الدراسة في جامعة الأزهر والتمييز في الميراث بين الرجل والمرأة والسماح للمسلم بالزواج من غير المسلمة وضعف مشاركة المسيحيين في الحياة السياسية في مصر". وأكد مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر "رفضه لأي ادعاء لتدخل أمريكي فى الشأن المصري وأهمية الحفاظ على وحدة الشعب المصري بمسلميه ومسيحييه". وطالب ب"ضرورة أن تكون متابعة شؤون حقوق الإنسان وحرياته مسألة عالمية وشأن دولي يختص به المجلس الدولي لحقوق الإنسان التابع للأمم المتحدة ولا يكون مقصوراً على الإدارة الأمريكية". ويشكل الأقباط أكبر طائفة مسيحية في الشرق الأوسط. وتتراوح نسبتهم بين 6 و10% من عدد سكان مصر البالغ 80 مليوناً. وهم يشكون بشكل دائم من التهميش والتمييز المتزايدين منذ 30 عاماً، خصوصاً في مجال الوظائف العامة. وكان المتحدث الرسمي باسم الخارجية المصرية أكد قبل نحو أسبوعين أن التقرير السنوي لوزارة الخارجية الأمريكية حول وضع الحربات الدينية في العالم "مرفوض من حيث المبدأ لأنه يصدر عن جهة لا حق لها في إجراء مثل هذا التقييم". وأضاف المتحدث في بيان أن التقارير التي تصدرها الخارجية الأمريكية "تقدم من حيث المضمون صورة غير متوازنة عن أوضاع الحريات الدينية في مصر اتساقاً مع ميلها للاعتماد إما على تقارير إعلامية أو على مصادر غير حكومية تعوزها المصداقية دون أن تسعى لإبراز وجهة النظر الأخرى". وقال: "نرفض قيام دولة بتنصيب نفسها وصياً على أداء دول مستقلة ذات سيادة دون مرجعية أو سند"، مشدداً على أن "مصر معنية فقط بما يصدر عن الجهات التابعة للأمم المتحدة". وانتقد تقرير الخارجية الأمريكية حول الحريات الدينية في مصر بشكل خاص "التمييز" ضد الأقباط والبهائيين في مصر. وقال إن "المسيحيين والبهائيين يواجهون تمييزاً على المستوى الفردي والجماعي خصوصاً في الحصول على وظائف حكومية". كما أكد التقرير الأمريكي أن الإخوان المسلمين في مصر يتعرضون ل"اعتقالات تعسفية وضغوط من قبل السلطة".