يواجه مؤتمر الحوار الوطني في جلسته العامة الثالثة، تحديات في حسم العديد من القضايا الخلافية ومن أبرزها القضية الجنوبية وقضية صعدة وهوية الدولة اليمنية . ويمثل تأخر اللجنة الوزارية المصغرة المكلفة من الرئيس عبد ربه منصور هادي تنفيذ النقاط ال 31 ومن ضمنها المطالب ال 11 المحددة من قبل فريق القضية الجنوبية أبرز المعضلات التي تواجه أعمال الفريق . وعلى الرغم من اتفاق أعضاء فريق صعدة على رؤية موحدة لجذور القضية واتفاقهم على تشكيل لجنتين للحلول والضمانات إلى جانب إقرار مادة دستورية تتضمن نزع واستعادة الأسلحة الثقيلة والمتوسطة من كل الأطراف، فإن الفريق يواجه تعقيدات شائكة جراء استمرار التصعيد الأمني والسيطرة المسلحة لجماعة الحوثيين على المحافظة وقيامها باجتياح منطقة “منبه” في تصعيد إضافي تقاطع مع تأييدها المعلن للتسوية السلمية . من جهته، أقر فريق بناء الدولة نظام القائمة النسبية كنظام انتخابي للبلاد، لكن الفريق يواجه صعوبات في التوافق على نظام الحكم ودين الدولة، كما صوت الفريق على قضيتي مصدر التشريع ودين الدولة ولم تصل نسبة التصويت إلى الحسم فتقرر إحالتها إلى لجنة التوفيق . كما يواجه فريق الجيش صعوبات طارئة في فرض موقفه الرافض لتعديل مادة تم إقرارها من قبل أغلبية أعضائه وتقضي بحظر مشاركة العسكريين في عمليات التصويت والاقتراع الانتخابي، وهو ما قوبل بتحفظ لجنة التوافق التي بادرت إلى مطالبة الفريق بتعديل المادة الدستورية المقترحة قبيل أن يتطور الموقف إلى ما يشبه التجاذبات عقب إصرار غالبية أعضاء الفريق على تثبيت المادة المقرة ورفضهم تحفظات لجنة التوافق .