أنشأ الانقلابيون نحو 480 معتقلاً سرياً في محافظاتاليمن الخاضعة لسيطرتهم، بهدف إخفاء الناشطين والسياسيين اليمنيين الذين تم اعتقال معظمهم قسرياً، بحسب تقرير حقوقي. ووفقاً للجنة الوطنية لحقوق الإنسان في اليمن، فإن السجناء يتعرضون لأنواع قاسية من التعذيب، تصل بعضها إلى التعذيب بالحرق والإعدامات الصورية. وأشار التقرير الذي صدر أخيراً إلى أن الميليشيات الحوثية وقوات صالح، حولت عدة مبان حكومية وأهلية إلى معتقلات، إذ حولت نحو 227 مبنى حكومياً، و27 مؤسسة طبية، و49 جامعة، و99 مدرسة، و25 نادياً رياضياً، و47 مبنى قضائياً، و10 منازل إلى سجون سرية. وضمنت اللجنة في تقريرها نحو 16804 حالات اعتقال تعسفي وتعذيب وإخفاء قسري، ارتكبتها ميليشيات الحوثي وقوات صالح بحق مدنيين. وأثبتت عدة منظمات دولية، منها منظمة العفو الدولية، في تقاريرها حالات الاعتقال التعسفي والإخفاء القسري التي مارسها الانقلابيون بحق اليمنيين. وبحسب الزيارات الميدانية التي قامت بها فرق اللجنة الوطنية لحقوق الإنسان في اليمن لبعض السجناء الذين أطلق سراحهم بعد اعتقالهم تعسفياً، فإنهم يعانون أحوالاً نفسية وصحية سيئة، بسبب قسوة التعذيب الذي تعرضوا له، وكانوا في أحيان كثيرة على مشارف الموت فعلياً. وقال السجناء المفرج عنهم لفرق اللجنة، إن ميليشيات الحوثي وقوات صالح أجبروهم على الاعتراف بتهم وجرائم لم يقوموا بارتكابها. وأخضعت ميليشيات الحوثي معتقلاتها السرية لحراسات مشددة، دون السماح لأي شخص بالدخول إليها عدا القائمين على السجون، بسبب وضعها كبار المعتقلين والمختطفين قسرياً بحسب تصنيف مسلحي ميليشيات الحوثي وصالح في السجون. وعمدت ميليشيات الحوثي وقوات صالح إلى إخفاء هويات المشرفين على السجون والمعتقلات التابعة لهم، إذ تتعامل الميليشيات مع مشرفي السجون ب«الألقاب والكنى»، بهدف منع التعرف عليهم مستقبلاً. وأجبر الحوثي 99 في المائة من المعتقلين الذين تم الإفراج عنهم خلال فترة التقرير، على كتابة تعهدات خطية والتوقيع على أوراق تقضي بمنع المعتقل من مزاولة أي نشاط سياسي أو حقوقي أو عالمي أو اجتماعي، أو أي نشاط يناهض فكرة التوسع المسلح لميليشيات الحوثي وصالح، وأنه حال مخالفة هذه التعهدات فإن الميليشيات لها الحق في إهدار دم المعتقل أو قتل أسرته أو مصادرة أمواله وممتلكاته. وتقوم ميليشيات الحوثي وصالح باختطاف الأطفال من المدارس دون معرفة أهاليهم، والزج بهم إلى مسرح العمليات العسكرية، حيث قامت قوات تحالف دعم الشرعية في اليمن مؤخراً بتسليم 52 طفلاً جُندوا على الحدود اليمنية السعودية من قبل الميليشيات الحوثية، بعد عمل منسق مع عدد من المنظمات الدولية، ومنها الصليب الأحمر واليونيسيف.
