استنكر حزب البعث العربي الاشتراكي قطر اليمن ما وصفه ب"استهداف السلطة للحزب". واتهم في بيان له السلطة الحاكمة بتجنيد "نفر من الحاقدين المتآمرين" ممن "قذف" بهم مؤتمر الحزب القطري الرابع عام 2006م إلى خارج أطره التنظيمية بسبب خروجهم عن أهدافه والتآمر على وحدته التنظيمية - حسب البيان. واعتبر البعث استهداف السلطة له كفكر على الساحة اليمنية جزء لا يتجزأ من أهداف اجتثاث البعث على مستوى الساحة العربية. وقال: إن توقيت إطلالة تلك "الوجوه القبيحة" على وسائل الإعلام الرسمية بعد انعقاد اللجنة المركزية لحزبنا خلال الفترة 19-20/2/2009م بيوم واحد وبنجاح عظيم واتخاذها لعدد من القرارات الهامة التي اعتبرها حزبنا منطلقا للإصلاحات الشاملة يعد إساءة بالغة لأهداف زيارة الأخ الرئيس للجمهورية العربية السورية الهادفة إلى زيادة اللحمة الأخوية السورية اليمنية من جهة والسورية اليمنية مع بقية الأقطار العربية من جهة أخرى. وأضاف البيان "لقد أرادوا بفعلهم ذلك وتوقيتهم المتزامن مع الزيارة التذكير بقانون اجتثاث البعث من الساحة العربية، لأن الفكر البعثي هو فكر قومي لا يتجزأ مهما تعددت ساحاته العربية وأن المحاولة البائسة لاجتثاثه كفكر يستهدف البعث أينما كان، وما يفرقه على مستوى أقطاره هو واقع التجزئة وخضوع تلك التنظيمات البعثية في كل قطر عربي للقوانين القطرية التي تنظم إجراءات قيامها وممارسة نشاطها التنظيمي." وعد البعث توقيت "الحالة التآمرية بمشاركة أطراف في السلطة" التي تمت خلال بلوغ الحوار الوطني ذروته الذي بادر بالدعوة إليه ورعاه الرئيس علي عبد الله صالح مع أحزاب اللقاء المشترك والذي يعتبر حزب البعث أحد أطراف هذا التكتل إساءة للرئيس وللحوار الوطني من خلال تشجيع تلك العناصر الضالة وتقديمها الدعم المادي والمعنوي والإعلامي لها وتضليل الرأي العام.