استبشر العديد من أبناء محافظة حضرموت ساحلا وواديا بالخطوة الجبارة في تأسيس مجلس حضرموت الأهلي ، خاصة وأنه أتى في وقت أزمة كبيرة تعاني منها البلاد وبمشاركة العديد من وجهاء وأعيان ومشايخ وتجار المحافظة بالإضافة إلى كونه حوى في عضويته كافة التكتلات والانتماءات السياسية والدينية من لقاء مشترك وحراك جنوبي وعلماء دين سنية وصوفية ووجهاء ومسؤولين سابقين . بعد هذه الخطوات المتسارعة والتأسيس القوي للمجلس والرضا عند كثير من أبناء المحافظة عنه انفجرت بعض الخلافات داخله كان أساسها الرئيس المختار للمجلس حيث أنه أولا وعبر إذاعة المكلا أعلن مشروع إعلان حضرموت وهذا الإعلان لم تفق عليه الجميع ولم يطرح للنقاش على المجلس لإقراره فأوجد خلافات حادة في المجلس الأهلي بين أعضاء الهيئة الاستشارية والسيد عبدالله باهارون حول إعلان حضرموت، دفعت الأخير التلويح بالاستقالة من رئاسة المجلس.