فجر الخلاف حول مستقبل جنوب اليمن والموقف من قيام فدرالية بين شمال البلاد وجنوبها المجلس الوطني لقوى الثورة الذي شكلته المعارضة بهدف إتمام عملية إسقاط النظام والتمهيد لإقامة دولة جديدة، حيث أعلن 24 قياديا جنوبيا رفضهم المشاركة في المجلس إلا بعد الإقرار بمطالبهم. وعشية الاجتماع الأول للمجلس الوطني فجر 23 من ابرز القيادات في الجنوب قنبلة سياسية من العيار الثقيل بينهم الرئيسان السابقان علي ناصر محمد وحيدر أبو بكر العطاس ورئيس حزب الإصلاح في حضرموت محسن باصرة ووزعوا بيانا رفضوا فيه المشاركة في المجلس الوطني لقوى الثورة السلمية، قائلين «لقد فوجئنا بإعلان أسمائنا في قوام المجلس دون علمنا والاتفاق المسبق معنا لمعرفة رأينا وموقفنا قبل إعلان الأسماء». وقال البيان «إن أي ائتلاف وطني موسع يضطلع بمسؤولية قيادة الثورة الشعبية السلمية لإسقاط بقايا النظام ينبغي أن يكون في هذه المرحلة، بالمناصفة بين الجنوب والشمال». وأضاف : «كان من المهم قبل الإعلان عن تشكيل الجمعية الوطنية والمجلس الوطني، التوافق على الأهداف السياسية، وتحديد موقف واضح وصريح من القضية الجنوبية كقضية سياسية وطنية بامتياز ينبغي أن تتصدر أولويات القضايا في أي تسوية سياسية قادمة تقوم على قاعدة الشراكة والاتحاد الطوعي بين طرفي المعادلة السياسية وهما (دولتا الجنوب والشمال) في وحدة 1990م التي تم وأدها بحرب صيف 1994م، وبما يلبي آمال وتطلعات الشعب في الجنوب باعتباره صاحب الكلمة الأولى والأخيرة في حسم خياراته الوطنية وتقرير مستقبله السياسي» وأكد موقعو البيان أن «عملية تشكيل المجلس الوطني من قبل تكتل أحزاب اللقاء المشترك قد جرى سلقها بعجالة ودون سابق إعداد وتحضير جيد، وقد طغى عليها الجانب العشوائي والانتقائي»، وطالب المعارضون الجنوبيون بان «تكون تشكيلة المجلس بالمناصفة بين شمال اليمن وجنوبه في المرحلة الراهنة لما للقضية الجنوبية من أهمية في حل مشكلات اليمن الراهنة. ويظهر هذا الموقف هشاشة المجلس الوطني الذي يفترض ان يمثل جميع القوى التي تطالب بتنحي الرئيس علي عبدالله صالح تمهيدا لبلورة برنامج يكفل تحقيق هذه الغاية . وفي بيان منفصل، انضم هشام باشراحيل رئيس تحرير صحيفة الأيام الموقوفة ليصبح العضو ال24 من الجنوبيين الرافضين للمجلس، معلناً اعتذاره عن المشاركة بسبب «عدم استشارته مسبقا لضم اسمه، وعدم اطلاعه على صيغة المبادئ والسياسات المرسومة للجمعية الوطنية لقوى الثورة». وأضاف : «كما وأن التجاهل للقضية الجنوبية والحراك السلمي وشهداؤه وجرحاه والخسائر المادية الجسيمة يتصدر قراري بالاعتذار». رفض تحديد مستقبل النظام وأكد قيادي بارز في المعارضة اليمنية أن المعارضة أبلغت هؤلاء القادة بإدراج أسمائهم في عضوية الجمعية الوطنية ومن ثم في المجلس الوطني واتفقت معهم على الاستمرار في الحوار وإبقاء باب الانضمام إلى عضوية الجمعية الوطنية مفتوحا، لكن بما يخص مستقبل الوضع في الجنوب، فقد ابلغوا أن المجلس مهمته انجاز الثورة وإسقاط النظام وليس تحديد مستقبل البلاد» . وأضاف : «قلنا للإخوة في المعارضة الجنوبية انه وبعد نجاح الثورة في إسقاط النظام يجلس الجميع على طاولة الحوار لمناقشة شكل الدولة الجديدة وطبيعتها وكان هناك تفهم واضح لذلك لكن الموقف الجديد كان مفاجئا وربما انه كشف عن توجهات مغايرة لما كنا نناقشه وهي في الأخير تصب باتجاه فصل الجنوب عن الشمال وهو مالا نستطيع القبول به». النموذج السوداني وطبقا لمصادر سياسية فان الرئيسين علي ناصر والعطاس يريدان إتباع النموذج السوداني في فصل الجنوب عن الشمال من خلال الإقرار بإقامة دولة اتحادية بين إقليمين خلال فترة انتقالية مدتها خمس سنوات ثم المطالبة باستفتاء على حق تقرير المصير يؤدي في النهاية إلى قيام دولة في الجنوب , ففي حين يطالب نائب الرئيس اليمني السابق بانفصال فوري وقال في تصريح له ردا على إنشاء المجلس الوطني انه سيظل يتمسك بانفصال الجنوب حتى لو بقي وحيدا في هذا الأمر. وكان الشيخ سالم عبد الله باقطيان خطيب جامع الشهداء اكبر مساجد مدينة المكلا بمحافظة حضرموت قد قال انه «آن الأوان أن تستعيدَ الأجيالُ الحضرمية هويتها وخصائصها وثقافتها وتاريخها وتطالب بحقوقها» , وفي محاضرة له قال باقطيان: «لقد مرت أربعةٍ وأربعون عاماً على تبعية حضرموتلعدن أولاً، ثمّ لصنعاء ثانياً، حاولت خلالها حكومة الجبهة القومية أولاً، ثمّ حكومة الوحدة ثانياً طمس الهوية الحضرمية، وإلغاء خصائص حضرموت بشتى الأساليب والمناهج والوسائل». تحذير من الانقسام ويخشى المراقبون من استمرار الأزمة التي تعصف باليمن منذ ستة أشهر وانعكاساتها على الاستقرار في البلاد ووحدة أراضيها حيث بات محافظات صعدة ومأرب والجوف وعمران خارج سيطرة الدولة فيما واصلت عناصر أنصار الشريعة السيطرة على بلدات ومدن محافظة أبين وباتوا يهددون باقتحام مدينة عدن وهو أمر من شأنه أن يؤدي إلى قيام عدة دويلات داخل البلد الأفقر في منطقة الشرق الأوسط والذي يزيد عدد سكانه عن خمسة وعشرين مليون نسمة.
