كشف الجهاز المركزي للرقابة والمحاسبة عن قيام مسئولين في مصافي عدن باستنزاف الأموال العامة والإسراف في المصروفات وتحميل الشركة أعباء إضافية أفقدتها القدرة على سداد ديونها الخارجية ، بالإضافة إلى تصدير كميات من النفط الخام المخصص للاستهلاك المحلي دون معرفة اللجنة الوزارية بتسويق النفط الخام المستحق لوزارة المالية. وذكر تقرير الجهاز لعام 2005م أن التجاوزات والمخالفات المالية في مصافي عدن تجاوزت عشرات المليارات ، في الوقت الذي تعاني فيه الشركة من ضائقة مالية ولم تستطع الوفاء بالالتزامات التي عليها للغير ، حيث يوجد بعهدة المدير العام للشركة ونائبه «11» سيارة للاستخدام الشخصي بتكلفة تزيد عن 62 مليون ريال ، إضافة إلى تحميل الشركة شهرياً تكاليف استهلاك الكهرباء والمياه لمنزل المدير العام ونائبه، والتي بلغت خلال سبعة أشهر فقط قرابة مليوني ريال. وأشار التقرير إلى قيام شركة مصافي عدن بتصدير كمية تقدر بحوالي 4.765.992 برميلاً من النفط الخام المخصص للاستهلاك المحلي إلى الخارج بمبلغ 138.847.582 دولاراً وذلك بدون معرفة دائرة التسويق واللجنة الوزارية لتسويق النفط الخام المستحق لوزارة المالية. وأوضحت التقارير قيام المسئولين في المصافي بتحميل الشركة أعباء إضافية أخرى لا مبرر لها مثل دفع إيجار مقر السفارة اليمنية في لندن ، وقيدها ضمن مصروفات مكتب الشركة هناك والتي تجاوزت 13 مليون ريال.. أي حوالي 54000 جنيه إسترليني ، بالإضافة إلى تحميل الشركة عام 2003م مبلغ (1.019.707.772) ريالاً ، وهو ما يمثل الفاقد في المخزون النفطي والمشتقات النفطية إلى جانب الخسارة التي أسفرت عنها عملية تشغيل وحدة الإسفلت والغاز الفراغي والتي تحملتها الشركة بمبلغ (1.358.255.155) ريالاً. وبينت تقارير جهاز الرقابة أن المديونية التي للشركة لدى الغير تجاوزت في 2003/12/31م مائة مليار ريال ، منها مديونية مشكوك في تحصيلها مر عليها أكثر من خمس سنوات دون سداد ولا متابعة من قبل مسئولي الشركة.