تضم مدينة جوبا السودانية معظم المصالح الحكومية والمنشآت العامة والشركات التجارية في المديريات الجنوبية. كما أنها اختيرت كرئاسةٍ للقيادة العسكرية في الجنوب وأصبحت عاصمة الجنوب وحاضرته. جوبا هي عاصمة المديرية الاستوائية التي تمثل منطقة الحدود الجنوبية للسودان مع الدول الإفريقية المجاورة وهي يوغندا وكينيا والكونغو، وتشترك مع مديريات أخرى في الحدود مع أثيوبيا وإفريقيا الوسطى، علما أنّ المديرية الاستوائية تجاور خمسا من الدول الثماني التي تشترك حدودها مع السودان. تمتاز المديرية بموقعٍ جغرافيٍ جيد على الضفة الغربية لبحر الجبل. وتمثل النهاية الجنوبية للملاحة النهرية، كما أنها مركز للطرق البرية التي تربطها مع مديريتها ومديريات أعالي النيل وبحر الغزال. وهي نقطة التقاء الطريق النهرية بالطرق البرية في الإقليم. اختيرت جوبا كعاصمة للمديرية الاستوائية في عام 1930 نظرا لجودة موضعها، حيث ترتفع الأرض وتتجه في انحدارها نحو بحر الجبل.. ترجع أهمية جوبا كميناء نهري إلى أن معظم البضائع والسلع تستورد من الشمال. كما تعتبر ذات أهمية تجارية كبيرة وتعد مركزا لتوزيع البضائع والسلع إلى جميع أجزاء المديرية الاستوائية، كما أنها مركز لتجميع تجارة المديرية التي يتمّ ترحيلها إلى العاصمة الخرطوم والمدن الكبرى. تخدم جوبا المشاريع الزراعية الموجودة في مديريتها وأهمها مشروع الزاندي الزراعي في جنوب غرب المديرية، وهو من أهم المشاريع الزراعية في الجنوب. أما من ناحية المناخ المحلي، فإن المدينة تقع تحت تأثير البيئة الاستوائية، إذ تنخفض درجات الحرارة، وخاصة في الشهور بين مايو وأغسطس. وتتميز مدينة جوبا بطبيعة تخطيطها الذّي تنفرد به عن المدن الأخرى في الشمال، وخاصة من ناحية استخدام الأرض وشكل المباني والشوارع ومواد البناء المستخدمة وتوزيع السكان ومهنهم في المدينة. وتحيط مدينة جوبا من الشرق الضفة الغربية لبحر الجبل ومن الشمال الأراضي المرتفعة والمنحدرة، ولكن الأرض تنبسط في الاتجاهين الغربي والجنوبي، وهي المناطق التي تتوسع عليها حاليًا. كما أن الجانب الشرقي للمدينة لا يلاصق بحر الجبل مباشرة، ولكنه يترك بينها مساحة خالية تجنبا لأثر الفيضان.