أكدت العديد من المصادر الاستخباراتية ،وبينها الهندية، إن بنظير بوتو رئيسة الحكومة الباكستانية السابقة وزعيمة حزب الشعب المعارض قتلت بناء على أوامر من ضباط متوسطين وصغار الرتب في الجيش والقوات الجوية الباكستانية. ونقلت صحيفة "الرياض" السعودية عن مسؤول سابق في وكالة المخابرات المركزية قوله:" الأمر مقلق عندما يكون نصف المحللين المتوسطين أو صغار المستوى في جهاز الاستخبارات الباكستانية يضعون صورة بن لادن على أجهزة الكومبيوتر الخاصة بهم". ويعتقد أكثر من محلل أن القاعدة وغيرها من التنظيمات المتشددة نجحوا باختراق القوات المسلحة الباكستانية وأجهزة الأمن التابعة لها. ونظراً لأن باكستان تمتلك ترسانة أسلحة نووية، فإن احتمال قيام نظام مؤيد للقاعدة مكان نظام الرئيس برويز مشرف قد يغيِر جذرياً الاصطفاف الجيو - سياسي في جنوب شرق آسيا بالكامل،وستكون له تأثيرات مباشرة وخطيرة على الشرق الأوسط أيضاً، وخاصة فيما يتعلق بالنزاع العربي- الإسرائيلي. واستناداً لمصدر ذي مكانة مرموقة في المجتمع الاستخباراتي، فإن الخوف الرئيسي لبوتو كان من الجنرال المتقاعد من الاستخبارات الباكستانية إيجاز شاه ، والذي ثبت أنه يشكل تهديداً كبيراً لها. وكانت بوتو قلقة من جهاز الحماية الخاص بها لكنها لم تثر المسألة ، غير أنه في 26 ديسمبر/كانون الأول الماضي، اشتكت بوتو من أن أجهزة التشويش الإلكترونية التي تستخدم لتعطيل القنابل المفخخة والتي وفرتها لها الحكومة الباكستانية، غير صالحة. وكانت بوتو على إدراك كامل بالأخطار التي تحيق بها بعد إطلاعها عليها وبعد تلقيها تهديدات بالقتل من أعدائها. وقال توماس هولاهان مدير التقييم العسكري في مركز الأمن والعلوم في واشنطن "وجه إليها تحذيرا بالأخطار ومع ذلك استمرت بالتصرف بطريقة لا يمكن لأجهزة الشرطة السرية في الولاياتالمتحدة القبول بها". وأضاف هولاهان أن بوتو أصرت على إيكال مهمة حمايتها إلى فريقها الخاص مضيفاً "لكن لا شيء يمكن أن يحميها عندما تقرر الوقوف وإخراج رأسها من سقف السيارة التي كانت تستقلها". ولم يكن معارضو بوتو داخل القوات المسلحة الباكستانية أو المتعاطفين مع بن لادن فحسب، بل أيضاً لدى أنصار الجنرال الراحل ضياء الحق الذين لم يرغبوا في وصول ابنة ذو الفقار علي بوتو إلى السلطة. وقال هولاهان: "لقد اشمأزوا حقاً من فكرة أن تكون بوتو قد تعهِدت للولايات المتحدة بالسماح للاستخبارات الأمريكية باستجواب العالم المتمرِد عبد القدير خان والسماح للقوات الأمريكية بملاحقة بن لادن على الأراضي الباكستانية. لم تكن لديها فرصة كبيرة للنجاة".
