على خلفية تصريحاته العدائية والتصعيدية ضد المؤتمر وأعضائه, دانت رئاسة مؤتمر الحوار الوطني في اليمن الدعوات والفتاوي التكفيرية ضد أعضاء مؤتمر الحوار من قبل رجل الدين البارز الشيخ عبد المجيد الزنداني ونجله على خلفية الجدل الدائر في المؤتمر حول المرجعية الدينية للدولة. وجاء في بيان صحفي أصدره المؤتمر مساء الأحد "تدين رئاسة المؤتمر هذه الهجمات التي اعتبرتها تزييف للوقائع وتصوير للنقاشات التي حدثت في الفريق وكأنها بين من هو مع الدين وبين من هو ضده وهذا تصوير خاطئ لحقيقة النقاشات ومحاكمة للنوايا".
كما أكد البيان أن "الإسلام والهوية العربية والإسلامية للدولة والمجتمع ليستا قضية خلافية مطروحة للنقاش".
واعتبر مثل هذه البيانات "ما هي إلا محاولة لجر مؤتمر الحوار الوطني إلى معارك جانبية خارج إطار مهمته الرئيسية والمتمثلة بالتعاطي مع مطالب الشعب اليمني في بناء دولة العدالة والحرية والديمقراطية وبلورة رؤى من شأنها معالجة الإشكالات والقضايا الوطنية وصولا إلى يمن جديد تتحقق فيه المواطنة المتساوية وينعم أبناؤه بالأمن والاستقرار وتفتح فيه الأبواب مشرعة لتحقيق تنمية مستدامة شاملة تُلحق اليمن بركب العصر".
وطالبت رئاسة المؤتمر بإحالة من أصدروا بيانات تحريضية ضد المشاركين في المؤتمر إلى المحاكمة.
وقال البيان، الذي قرأه نائب رئيس مؤتمر الحوار والقيادي في التجمع اليمني للإصلاح الذي ينتمي إليه الزنداني محمد قحطان "إن هيئة الرئاسة نيابة عن مؤتمر الحوار الوطني الشامل تدين هذه البيانات التحريضية وتطالب بإحالة المعنيين للمحاكمة".وهو ما يعني المطالبة بمحاكمة الزنداني ونجله
وأعلن فريق بناء الدولة في مؤتمر الحوار الوطني، الأحد، تعليق أعماله ليوم واحد احتجاجا على فتاوى التكفير وذلك على خلفية تصويت 37 عضوا لصالح مقترح نص على أن يكون الإسلام مصدر رئيس للتشريع، وليس المصدر الوحيد للتشريع.