قال سياسيي بارز من تيار (الإخوان المسلمون) في اليمن " إن السلطة اليمنية التي انفردت بالحكم بعد حرب صيف 94م على الجنوب قد فشلت في إدارة مشروع (الوحدة) اليمنية التي تمت في العام 1990م بين الجنوب والشمال اليمني .. مشيرين الى ان تلك السلطات حولت تلك الوحدة من مشروع وطني ديمقراطي إلى مشروع عائلي عصبوي، أطاح بالشراكة الوطنية ،وكرس الاستئثار بالسلطة، والثروة. حد تعبيرهم وأوضح السياسي في التيار الديني (حزب الاصلاح) وعضو فيما يسمى بمؤتمر الحوار اليمني عبد الرزاق الهجري " إن السلطة التي انفردت بالحكم بعد حرب صيف 94م وأضحت للمرة الأولى منذ مئات السنين مسؤولة عن اليمن كله، قد فشلت في إدارة مشروع الوحدة، وحولته من مشروع وطني ديمقراطي إلى مشروع عائلي عصبوي، أطاح بالشراكة الوطنية ،وكرس الاستئثار بالسلطة، والثروة".
واضاف الهجري الذي كان يتحدث في سيق رؤية تقدم بها تيار حزب الاصلاح " إن السلطة فشلت في أن تكون عند مستوى التحدي الوطني، في مواجهة المشاكل المستعصية التي ورثتها دولة الوحدة عن مرحلة التجزئة ، أو التي نتجت عن الفترة الانتقالية، أو تلك التي نجمت عن الحرب، وخروج الشريك الثاني في اتفاق الوحدة (الحزب الاشتراكي) من السلطة , بل أنها بدلا من ذلك قامت بتسريح الآلاف من الموظفين المدنيين والعسكريين، من أبناء الجنوب وقامت بخصخصة مؤسسات القطاع العام من خلال عملية نهب واسعة كان المتنفذون هم المستفيد الوحيد منها، وقذف بالعاملين فيها إلى سوق البطالة بدون حقوق، وبالمثل طرد الفلاحون من أراضيهم، وصودرت مزارع الدولة، وأعيد توزيعها على حفنة من المتنفذين ، ونهبت أراضي الدولة لصالح فئة صغيرة من كبار المتنفذين، وعلى حساب الاحتياجات الاستثمارية والسكنية، في حين كان مواطنو محافظات الجنوب المستبعد الأكبر فيها، وتجاوز الأمر ذلك إلى نهب أراضي وممتلكات خاصة لأعداد كبيرة من المواطنين".
وقال الهجري " ان الحديث عن البعد السياسي لجذر القضية الجنوبية سيقود بالضرورة الى فترة تاريخية سابقه لقيام دولة (الوحدة) وتحديدا الى فترة الاستقلال ..مضيفاً " رغم تمكن الحركة الوطنية في الجنوب من خلق كيان وهوية وطنية جامعة كنجاح يحسب لها ، وتمكن الحركة الوطنية في الشمال من دحر فلول الملكيين وتثبيت النظام الجمهوري ، إلا أن ما لا يمكن إغفاله أو تجاهله أن النظامين في (في الشمال والجنوب) قد اخفقا في بناء الدولة التي تستوعب في هيكلها مختلف القوى الاجتماعية بحيث تحصل كل منها على دورها ومشاركتها في السلطة وفي عملية اتخاذ القرار السياسي بتلقائية ودونما عنف ، وقد أدى هذا الاخفاق وغياب التجربة السياسية الناضجة لدى النظامين السياسيين في الشمال وفي الجنوب وما رافق تجربتهم العملية في ادارة الدولة من تغييب لقيم الديمقراطية ومنظومة الحقوق والحريات، عكست نفسها في الفشل الذريع خلال الفترة الانتقالية في بناء الدولة الوطنية المجسدة لمضامين وحدة 22/ مايو/1990م".
و أكد الهجري في رؤيته لجذور القضية الجنوبية بالقول " أثر تعقيدات المشهد السياسي في الجنوب في نشوء دورات من العنف كان لها تداعياتها التي أثرت بشكل مباشر في بروز القضية الجنوبية حيث فتحت عملية الاقصاء ، واستجرار صراعات الماضي ، وتغييب المصالحة الوطنية ، إلى الاخفاق في ترتيب البيت الجنوبي من الداخل عشية الإعلان عن قيام الجمهورية اليمنية ، الأمر الذي فتح الباب مشرعا أمام توظيف هذه الحالة من التشظي في إضعاف الشراكة الوطنية للطرف الجنوبي خلال الفترة ما بين 90-1994م، ثم تقويضها بشكل كامل في فترة ما بعد 1994م ، حيث تحول الجميع من شركاء إلى موظفين". ولم تتضمن رؤية السياسي اليمني والقيادي في حزب الاخوان المسلمين " أي حل للقضية الجنوبية التي تطالب الحركة الوطنية الجنوبية بفك ارتباط وحدة عام 1990م باعتبار الوحدة التي تم توقيعها بين بين دولتي الجنوب واليمني الشمالي قد فشلت بعد مرور اقل من اربعه اعوام على تحقيقها.
ويرى نشطاء جنوبيون "ان تلك الرؤية والتي قدمت خلال اجتماع سياسيين من تيار الإخوان المسلمين مع فريق القضية الجنوبية في مؤتمر الحوار اليمني "( انها مجرد رؤية استرضى للجنوبيين ومحاولة بائسة لنفث غبار الاتهام عنهم باعتبارهم شركاء في الحرب على الجنوب عام 94م). ويتهم الجنوبيون الاطراف الشمالية ومن بينها حزب الإصلاح او ما يسمى بتيار (الإخوان المسلمين) وحزب المؤتمر الشعبي العام وقبائل يمنية اخرى بشن حرب عام 94م على الجنوب وهي الحرب التي انتهت حينها بهزيمة الجنوبيين ورحيل قيادات الدولة الجنوبية الى المنفى وزالوا الى اليوم رغم صدور قرار عفو عقب الحكم عليهم بالاعدام من قبل النظام اليمني في صنعاء حينها . وشنت القوات اليمنية في العام 94م حرباً على الجنوب مصحوبة بفتوى دينية صادر عن التيار الديني حزب الاصلاح ممثل بوزير الاوقاف اليمني عبد الوهاب الديلمي جازت تلك الفتوى بقتال الجنوبيين واعتبرتهم ملحدين وخارجين عن الدين الاسلامي والوحدة اليمنية. بحسب نص تلك الفتوى.