يتهم النظام القطري بإنه استخدم قناة الجزيرة لتصفية حسابات عديدة مع انظمة عربية كثيرة كانت اليمن في مراحل متعددة إحداها كشفت وثائق خطيرة سربها موقع "ويكيليكس" أن لقاءً سرياً جمع بين الشيخ حمد بن جاسم وزير الخارجية القطرى ومسئول إسرائيلى نافذ فى السلطة وكشف فيه الشيخ جاسم للمسئول الإسرائيلى أن الدوحة تتبنى خطة لضرب استقرار مصر بعنف، وأن "قناة الجزيرة" ستلعب الدور المحورى لتنفيذ هذه الخطة، عن طريق اللعب بمشاعر المصريين لإحداث هذه الفوضى. وأشارت الوثيقة إلى أن الشيخ حمد بن جاسم وصف مصر ب"الطبيب الذى لديه مريض واحد" ويجب أن يستمر مرضه، وأكد "جاسم" - الذى استخدمت حكومته قناة الجزيرة التى تملكها قطر - أن المريض الذى لدى مصر هو القضية الفلسطينية فى إشارة منه إلى أن مصر تريد إطالة أمد القضية الفلسطينية دون حل، حتى لا تصبح مصر بلا قضية تضعها فى منصب القائد للمنطقة العربية. كان "ويكيليكس" قد أشار إلى أن لديه 7 وثائق عن قطر، نشر منها 5 وثائق، وحجب وثيقتين بعد تفاوض قطر مع إدارة الموقع الذى طلب مبالغ ضخمة حتى لا يتم النشر لما تحويه من معلومات خطيرة عن لقاءات مع مسئولين إسرائيليين وأمريكان وأن هذه اللقاءات كلها للتحريض ضد مصر. وعلى الرغم من أن الموقع التزم بسريه الوثيقتين بعد أن حصل على الثمن من القطريين، إلا أنه تم تسريبها إلى عدد من وسائل الإعلام، أهمها جريدة الجارديان والتى نشرت نصهما على موقعها وشملت ضمن محتواها تحليل السفارة الأمريكية لموقع قناة الجزيرة على خريطة التحرك السياسى لقطر، ودورها فى رسم ملامح سياسة قطر الخارجية. تتحدث الوثيقة التى حملت رقم 432 بتاريخ الأول من يوليو 2009 عن اللقاء الذى استغرق 50 دقيقة بين الشيخ حمد بن جاسم وقناة الجزيرة والذى أسهب فيه بن جاسم عن السياسة الخارجية القطرية، فى عدد من الموضوعات بما فيها المصالحة الفلسطينية وعملية السلام ولم يدخر جهداً فى شن هجوم شرس على مصر وسياساتها بشكل مباشر وغير مباشر فى لحظات أخرى، وقد قام السفير الأمريكى بتحليل اللقاء، وأشار فى مجمل تحليله إلى كون الجزيرة أداة فى يد القطريين يستخدمونها كيفما يشاءون لخدمة مصالحهم على حساب أطراف أخرى. أما الوثيقة الثانية وحملت رقم 677 بتاريخ 19 نوفمبر 2009 فقد تعلقت بتقييم شامل تعده الأقسام المختلفة بالسفارة كل فى اختصاصه حول قطر، وتطرق التقييم إلى دور قناة الجزيرة فى منظومة السياسة القطرية وتحليل توجهات الشبكة منذ تولى الرئيس أوباما لمقاليد السلطة فى واشنطن. وأشارت الوثيقة إلى أن تغطية الجزيرة أصبحت أكثر إيجابية تجاه الولاياتالمتحدة فى الوقت نفسه يؤكد التقييم بقاء الجزيرة كأداة للسياسة الخارجية القطرية. وأكدت الوثيقتين أن وزير الخارجية القطرى الشيخ جاسم وعدد من المسئولين الإسرائيليين والأمريكان أنه بمجرد خروج المصريين إلى الشارع فإنه سيكلف قناة الجزيرة ببث كل ما يزكى إشعال الفتنه فى الشارع ليس فقط بين المصريين والنظام ولكن بين المصريين بعضهم البعض. وأشارت الوثيقتان إلى أن النظام القطرى يستخدم دائماً قناة الجزيرة فى تصفيه حساباته مع خصومه وأنه نجح أكثر من مرة فى إشعال الفتن فى عدد كبير من العواصم العربية عندما توترت العلاقات مع الدوحة وأن الجزيرة هى أحد أهم القنوات الإخبارية فى المنطقة ونجحت فى جذب المشاهد العربى منذ تأسيسها.
