تحتوي مياة المجاري على أربعة أنواع من الميكروبات المرضية للإنسان وتسمى بمسببات الإصابة وتشمل البكتريا، الفيروسات، الطفيليات والديدان والتي ممكن تحدث الإصابة والأمراض المختلفة لأنواع عديدة من الكائنات الحية المختلفة مثل النباتات والحيوانات والإنسان كما تحتوي على حوالي 9.99% ماء مع نسبة قليلة من المواد الذاتية والمعلقة العضوية وغير العضوية ويختلف المحتوى الميكروبي لمياه الصرف الصحي اعتماداً على نوعية وكمية المواد العضوية وغير العضوية وطريقة المعالجة وفي الحقيقة فإن الأنواع وكثافة الميكروبات تعتمد على الحالة الصحية للمجتمعات وحجم هذه المجتمعات ومدى وجود المستشفيات والمصانع التي تساهم في تكوين هذه المياه كذلك تتغير طبقاً للزمن ففي المجتمعات الكبيرة فإن وجود أناس مصابون سوف يمثل ويساهم بنسبة قليلة في المحتوى الميكروبي مقارنة بالحجم الكلي الذي تنتج عن هذا المجتمع أما في المجتمعات الصغيرة فإن المياه الناتجة أما أن تكون محتوية على نسبة عالية من الميكروبات المرضية أو غير محتوية. ويمكننا إجمال الميكروبات المتواجدة كمايلي: أولاً: البكتريا تحتوي مياه المجاري على اعداد كثيرة من الميكروبات المرضية وتعتبر الميكروبات المعوية هي الأكثر خطورة نتيجة لقدرتها على البقاء لفترة طويلة في البيئة وتمثل البكتريا المعوية الميكروبات الأكثر خطورة من حيث قدرتها على إعادة نموها في البيئة تنتقل الميكروبات المعوية أما عن طريق الاحتكاك المباشر مع المياه الملوثة أو عن طريق ابتلاع الاطعمة الملوثة بهذه الميكروبات المرضية. البكتريا الأكثر انتشاراً في مياه الصرف الصحي هي Salmonella، Shigella، Yersinia، Vibria cheleral camey bacter والسلالات المرضية من بكتريا E.coli إضافة إلى بكتريا التلوث البرازي والتي تسمى ببكتريا الدليل وهي بكتريا الكوليفورم، وبكتريا الكوليفورم، البرازية والبكتريا السبحية المسماة Fecal Streptococei. معظم الأمراض الحادثة بالبكتريا المعوية هي أمراض الجهاز الهضمي والأمراض الهضمية الحادثة بهذه البكتريا تعتبر أكثر خطورة من الأمراض الحادثة عن طريق الفيروسات والطفيليات خصوصاً عند الأطفال والشيوخ الكبار. وطبقاً لمنظمة الصحة العالمية فإن بكتريا السالمونيلا هي أخطر أنواع البكتريا والتي تحتوي على أكثر من 2000 سلالة وتمتلك القدرة على إصابة كل الكائنات الحية ابتداء من الحشرات حتى الثدييات حيث أن كل سلالاتها هي مرضية وتحدث الكثير من الإصابة المرضية المهبتة للإنسان وأخطر أنواعها هي Styphiod, Salmenlla typhi. والتي تسبب الحمى التيفود والباراتيفود صنف العالم Kowal البكتريا المرضية في مياه المجاري إلى صنفين هما: 1 Minor concern campylobacterوتشملYersina: E.coli ,vibro, shigella salmonella 2 Minor concern وتشمل Psuedomonas Clostridium Aeromonas. وبالتالي فإن امكانية الإصابة بالبكتريا المرضية سوف تعتمد على نوعية البكتريا ومدى قدرتها على البقاء وتحمل الظروف غير الملائمة وعموماً فإن وجود الميكروب المرضي ليس بالضرورة أن يحدث المرض حيث أن الإصابة تظهر في حالة حدوث عاملين مهمين هما: 1 التعرض لكميات كبيرة من الميكروبات سواء عن طريق الاستنشاق أو الابتلاع. 2 الجرعة المأخوذة حيث يجب ان تصل إلى حد معين لإحداث الإصابة. ثانياً الفيروسات: أكثر من 140 نوعاً من الفيروسات تكون معروفة في قدرتها على إصابة الجهاز الهضمي للإنسان وتسمى الفيروسات التي لها القدرة على إصابة الجهاز الهضمي بالفيروسات المعوية وبعضها يمتلك القدرة على التكاثر في بعض الأجهزة الأخرى مثل الكبد والانسجة العصبية، العين والانسجة القلبية، من أمثلتها هي فيروس الكبد الوبائي والمسمى hepatitis A والذي يصيب الكبد وتتميز الفيروسات المعوية بتخصصها الدقيق لإصابة انسجة معينة خصوصاً في الإنسان والقرود. وخلال الإصابة فإن اعداداً كثيرة من الفيروسات تفرز في فضلات الإنسان المصاب وتتراوح بين 8-10 لكل جرام. والفيروسات المعوية هي أول الفيروسات المعزولة من مياه الصرف الصحي والاكثر دراسة من الفيروسات الأكثر شيوعاً هي Polio Viruses وهي فيروسات مسببة لشلل الأطفال «3 أنواع» echoviruses (34 types) Coxsa ckieviruses (30 types) وهذه الأنواع قادرة على إحداث مدى واسع من الامراض الخطيرة. وتعتبر الفيروسات التي تصيب الكبد وتحدث أمراض الكبد من النوع A وE هي الأنواع التي تنتشر عن طريق المياه والاطعمة الملوثة. والفيروسات المعوية تظهر أي أنها أكثر مقاومة للبقاء في البيئة مقارنة بالبكتريا والطفيليات ويمكنها البقاء لفترة طويلة في البيئة تحت درجات الحرارة المنخفضة كما تتميز فيروسات الكبد بنوع A والفيروسات المسماة Adenovirus أكثر مقاومة لدرجات الحرارة العالية أكثر من 50م. ثالثاً الفطريات الفطريات هي كائنات متعددة الخلايا تلعب دوراً هاماً في تحليل المادة العضوية في مياه الصرف الصحي وهنالك اعداد محدودة التي يمكنها إحداث الأمراض للإنسان وتسمى الأمراض الفطرية ب Mycoses وبعض الفطريات التي تنتشر في الهواء يمكنها أحداث أمراض الجهاز التنفسي وأمراض الحساسية للإنسان. الفطريات عادة هي ميكروبات مرضية انتهازية وتحدث الأمراض في حالة تواجدها بأعداد كبيرة وعادة مايحدث المرض بها بعد إصابة الإنسان بأمراض أخرى تقلل من مناعته. من أكثر الاجناس الفطريات انتشاراً وأهمية هو الجنس المسمى اسبرجلس Aspegillus والتي يمكنها إحداث أمراض تسمى بAspergillosis ومن بين الأنواع لهذا الجنس هو النوع A. Fumigatus «Millner etal, 1977» هذا النوع يمكنه النمو في درجات حرارة تتراوح بين 20 50م ويمكنه من إحداث أمراض الحساسية والحمى. رابعاً الطفيليات من أكثر أنواع الطفيليات انتشاراً في المياه والتي يمكنها احداث الأمراض عن طريق شرب المياه الملوثة عما هي Cryptosporidium, Giardia. وتشير الدراسات أن أكثر من 60% من الأمراض التي تحدثها الجارديا هي عن طريق المياه الملوثة كما أن طفيل الجارديا Cryptosporidum تنتقل عن طريق الاحتكاك وتناول الأطعمة أو السياحة بالمياه الملوثة بهذه الطفيليات تعتبر الحيوانات هي العوائل الخزبية ومصادر هذه الطفيليات كما يمكن لطفيل الجارديا البقاء في مياه الصرف الصحي لفترة 6-2 أشهر كما يمكن لطفيل Crypto إحداث إصابات مرضية قاتلة في الأشخاص المصابين بمرض نقص المناعة المكتسبة الايدز. تتميز هذه الطفيليات بقدرتها على تكوين cysts وبالتالي تتمكن من البقاء لفترة طويلة في البيئة كما يمكنها من مقاومة الظروف الصعبة حيث تبقى لفترة قد تصل إلى عدة أشهر في درجة حرارة منخفضة أقل من 10م على الرغم من ذلك فإنها تكون غير فعالة خصوصاً عند درجة حرارة 40ْم وكذلك عند التبريد في درجات الحرارة المنخفضة جداً. كلا النوعين يمتلك قدرة المقاومة أكثر من البكتريا ولفيروسات لعملية تطهير المياه بالكلور أو الأوزون والعمليات الكيميائية الأخرى.