خالد شيخ محمد امام المحكمة العسكرية الخاصة مع أربعة متهمين آخرين. وتوجه منظمات حقوقية عديدة انتقادات حادة لهذه المحكمة العسكرية بكونها لا تستجيب للشروط الدولية المعروفة لمحاكمة عادلة. وتعتبر هذه المرة الأولى التي يظهر فيها خالد شيخ محمد أمام الرأي العام منذ أن القي عليه القبض عام 2003 في باكستان، ويعد الرجل الثالث (السابق) في تنظيم القاعدة، كما يعده الأمريكيون المتهم الأول في التفجيرات التي استهدفت مدينتي نيويورك وواشنطن. وقال الادعاء العام بأنهم يتوقعون الحكم بالإعدام على خالد شيخ محمد. " وان كان هناك شخص يستحق الحكم بالموت فانه هو" محمد. " وان كان هناك شخص يستحق الحكم بالموت فانه هو" حسب احد موظفي وزارة الدفاع الأمريكية. اعتراف حسب المدعي العام الأمريكي فان شيخ محمد اعترف بأنه خطط لاعتداءات على نيويورك وواشنطن، والسؤال الذي يطرح نفسه هو هل سيقبل قاضي المحكمة هذا الاعتراف ؟ لأنه انتزع منه تحت الاكراه، فقد اعترفت وكالة الاستخبارات الأمريكية بانها اتبعت في استنطاقها شيخ محمد على تقنية "الإغراق الوهمي" هذه الطريقة تقوم على بإغراق المتشبه به في الماء في كيس بلاستيكي حتى يصل الماء إلي الأنف والرقبة لإيهامه بأنه على وشك الغرق. وتعتبر الكثير من الدول الغربية، ومختصين في القانون ومنظمات حقوق الإنسان هذه الطريقة شكلا من أشكال التعذيب. ولم يحظر الرئيس الأمريكي مثل هذه الطريقة في الاستنطاق، وكان يصرح دائما بأنه يسمح باستعمال طرق استجواب قاسية مع الإرهابيين الخطرين. سجن خالد شيخ محمد طيلة ثلاث سنوات في معتقلات سرية متعددة في مواقع مختلفة عبر العالم قبل أن يتم تحويله إلى سجن غوانتنامو عام 2006 وينتظر أن يسلط المحامون الأضواء حول طريقة معاملة المخابرات الأمريكية لخالد شيخ محمد، إلى جانب مع ايلاء اهتمام بالغ للأدلة المادية التي تم جمعها ضد المتهم. مقابل عقوبة مخففة لحد الآن لم تدن المحكمة العسكرية الأمريكية ايا من المتهمين، غير أن الاسترالي دافيد هيكز صدرت في حقه عقوبة السجن وكان ذلك باعترافه بالضلوع في التفجيرات مقابل تخفيف العقوبة عليه. ولم يصدر حكم بإدانته حتى الآن.وكان قضاة المحكمة العسكرية طرحوا ملاحظات وأسئلة محرجة بخصوص كيفية معاملة المعتقلين بسجن غوانتنامو. نفى العميد الامريكي توماس هارتمان أن تستخدم الأدلة السرية في المحاكمة "نريد أن يكون كل شيء في العلن" يقول هارتمان، وسيحصل المتهمون على توضيحات بخصوص كل الأدلة التي ستستخدم ضدهم، كما باستطاعتهم الاستعانة بمستشار خاص إلى جانب المحامي العسكري الذي يعين لهم وحتى استدعاء شهود. وتعمل المحكمة العسكرية كل ما بوسعها لتثبت أنها تعمل وفقا للدستور، وحسب مختصين في القضاء العسكري وآخرين معنيين بالقضية ستكون" أهم محاكمة لمؤامرة ضد الولايات التحدة الأمريكية في التاريخ الحديث. بقية المتهمين في القضية رمزي بن الشيبة ولد في اليمن وسكن مع الخاطف رقم 16 محمد عطا في مدينة هامبورغ الألمانية واعتبر المسئول المالي للمجموعة في ألمانيا كان يفترض أن يكون احد المشاركين في الاعتداء لكنه لم يتحصل على تأشيرة الدخول للولايات المتحدةالأمريكية. علي عبد العزيز علي من اصل كويتي يعتقد انه الشخص الذي زود المجموعة بالمال واحد أصدقاء خالد شيخ محمد ورمزي يوسف الذي أدين عام 1997 ب 240 سنة سجنا لضلوعه في الاعتداء الفاشل على مركز التجارة العالمي عام 1993 مصطفى احمد الهوساوي من اصل سعودي و متهم بأنه احد ممولي الخاطفين بالمال و بأنه التقى مع زعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن قبيل الاعتداء،ويشتبه بعلاقته بالخاطف العشرين زكريا موسى الذي القي عليه القبض بالولاياتالمتحدةالامريكية و أدين بعقوبة مدى الحياة. وليد بن عطاش يتهم بانه على علاقة بمجموعة الخاطفين وانه وفر وثائق السفر المزورة لهم، وحسب وكالة الاستخبارات الامريكية فانه كان ضالعا في الهجوم الذي استهدف المدمرة الأمريكية "كول" في سواحل اليمن عام 2000 كما لعب دورا في الهجوم على السفارتين الأمريكيتين في بكينيا وتنزانيا.
