بعد إثارته ردود فعل غاضبة في داخل إيران وخارجها، بسبب تصريحاته حول العراق، استدعت المحكمة الخاصة بعلماء الدين في إيران علي يونسي، المستشار الخاص للرئيس الإيراني،حسن روحاني، في شؤون القوميات والأقليات الدينية للتحقيق معه بشأن تصريحاته الأخيرة. كان يونسي أدلى في الآونة الأخيرة بتصريحات تسبّبت في استياء خارج وداخل إيران وكذلك أصدقاء إيران في المنطقة. وفي تصريحات كان يونسي، وهو وزير سابق للاستخبارات، قال إن إيران اليوم أصبحت إمبراطورية، كما كانت عبر التاريخ، وعاصمتها بغداد حاليًا، وهي مركز حضارتنا وثقافتنا وهويتنا، كما في الماضي.
جغرافيا ايرانوالعراق وأضاف: "إن جغرافية إيرانوالعراق غير قابلة للتفكيك، لذا إما أن نقاتل معًا أو نتحد"، في إشارة إلى الوجود الإيراني في العراق خلال الآونة الأخيرة. وسارعت المتحدثة باسم الخارجية الإيرانية في أول رد فعل رسمي على تصريحات يونسي إلى التأكيد أن سياسة طهران الخارجية تقوم دومًا على احترام السيادة والوحدة الوطنية والاستقرار والأمن لجميع البلدان، لا سيما الجوار "وأن تنفيذ طهران العملي لهذا المبدأ حيال العراق الشقيق لا يخفى على أحد". وقالت مرضية أفخم إن الحكومة والشعب في العراق يشعران أكثر من غيرهما في هذه الأيام بأداء مثل هذا الدور عن قرب.
سيادة العراق وأضافت إنه فيما تقف الجمهورية الإسلامية الإيرانية بمسؤولية وشفافية مؤثرة لدعم الاستقلال والسيادة الوطنية للعراق إلى جانب الشعب والحكومة في هذا البلد خلال عملية مكافحة الإرهاب، يحاول البعض وضع تفسيرات غير دقيقة ولا هادفة لتصريحات يونسي من أجل التأثير على الرأي العام في العراق. وردًا على تصريحات يونسي، قال وزير الخارجية العراقي إبراهيم الجعفري: إن العراق يتمتع بالسيادة التامة، ولم ولن يسمح لأي جهة، سواء إيران أو غيرها، بانتهاك هذه السيادة أو التدخل في شؤونه الداخلية. كما أصدرت وزارة الخارجية العراقية بيانًا ردًا على هذه التصريحات، وأعربت عن استيائها بهذا الشأن. وجاء في البيان: إن وزارة الخارجية العراقية تعلن استنكارها للتصريحات المنسوبة إلى الشيخ علي يونسي، مستشار رئيس الجمهورية الإسلامية الإيرانية في شؤون الأقليات. وطالب العديد من نواب مجلس الشورى (البرلمان) الإيراني وكذلك الشخصيات السياسية طالبوا الرئيس الإيراني حسن روحاني بأن يبادر إلى عزل مستشاره بسبب تكراره التصريحات المثيرة للجدل.
