قال وزير الإعلام السوداني الناطق باسم الحكومة فيصل محمد صالح إن مجلس الوزراء السوداني لم يكن على علم بزيارة رئيس المجلس السيادي عبد الفتاح البرهان إلى عنتيبي بأوغندا ولقائه برئيس وزراء كيان العدو الصهيوني بنيامين نتنياهو. وأكد أن الحكومة تفاجأت بتصريحات البرهان التي قدم فيها إفادات مختلفة عما ذكره في اللقاء المشترك معها. وأشار إلى أن البرهان أبلغ الحكومة بأنه التقى نتنياهو بمبادرة شخصية لم يستشر فيها أحدا. وأضاف "إننا نمثل حكومة الثورة حاملة شعارات الحرية والعدالة ولا يمكن أن يكون من أولوياتها الانقلاب على شعارات الثورة والتنكر للشعوب المضطهدة". وأوضح أن أمر العلاقات مع "إسرائيل" هو شأن يتعدى اختصاصات الحكومة الانتقالية، ويجب أن ينظر فيه الجهاز التشريعي والمؤتمر الدستوري. وأشار إلى أن مجلس الوزراء وتجمع المهنيين اتفقا على أن السياسة الخارجية للسودان هي من اختصاص الجهاز التنفيذي وفق الوثيقة الدستورية. وكان رئيس مجلس السيادة في السودان قال إنه أخطر رئيس الوزراء عبد الله حمدوك بلقاء عنتيبي قبل يومين من موعده، وأن قوى الحرية والتغيير ليس لديها اعتراض على الخطوة، لكن اعتراضها جاء على عدم التشاور حولها قبل الذهاب. هذا فيما قدم مدير السياسة الخارجية في المجلس السيادي السوداني، رشاد فراج السراج، استقالته، على خلفية لقاء رئيس المجلس عبد الفتاح البرهان رئيس الوزراء الإسرائيلي بنيامين نتنياهووقال السراج، في خطاب الاستقالة، الذي قدمه للمجلس السيادي الانتقالي: "بعد سنوات حافلة بالعطاء والبذل من أجل وطني وشعبي العظيم، أجد اليوم عسيرا ومستحيلا على نفسي الاستمرار في موقعي كمدير لإدارة السياسة الخارجية بأمانتكم الموقرة". وأضاف: "يتعين علي أن أخدم في حكومة يسعى رأسها للتطبيع والتعاون مع الكيان الصهيوني الذي يحتل القدس الشريف، ويقتل أهلنا في فلسطين، ويعربد في أوطاننا العربية والإسلامية دون رادع". وتابع: "إن أمانة التكليف تقتضي أن أقدم استقالتي قبل أن أرى أعلام الكيان الصهيوني ترفرف على سارية القصر الذي قتل فيه غردون (ضابط بريطاني قتله أنصار المهدي في الخرطوم عام 1885)، من قبل المجاهدين من أبناء السودان الأحرار، الذين قاتلوا وكلاء الاحتلال والاستعمار على مر العصور والأيام، وبذلوا دماءهم مهرا للحرية والانعتاق". وختم السراج خطاب استقالته: "سأظل جنديا يخدم وطنه وشعبه في أي موقع فوق ترابه الطاهر". وكان البرهان، قد أكد أنه التقى برئيس حكومة تسيير الأعمال الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، في أوغندا، لافتا إلى أن اللقاء جاء من منطلق حفظ وصيانة الأمن الوطني السوداني وتحقيق مصالح شعبه. كما أكد، أن الاتصالات مع رئيس حكومة تسيير الأعمال الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، ووزير الخارجية الأميركي، مايك بومبيو، بدأت منذ 3 أشهر لمناقشة ما يمكن أن يستفيد منه السودان، لافتا إلى تشكيل لجنة من مجلسي السيادة والوزراء لدرس مزايا وعيوب العلاقة مع إسرائيل. وأقر البرهان أنه التقى نتنياهو بتنسيق أمريكي في أوغندا، بهدف تطبيع العلاقات بين الجانبين، الأمر الذي لاقى استهجانا في الداخل السوداني والمحيط العربي، فيما استنكره الكل الفلسطيني وعده طعنة وخيانة للقضية الفلسطينية، خاصة أنه يأتي عقب الاعلان عن صفقة القرن المشؤومة التي تستهدف تصفية القضية الفلسطينية.