ويواجه «شيخ محمد» و«بن الشيبة» و«وليد بن عطاش» و«مصطفى الحوصوي» و«علي عبد العزيز علي», تهماً بالتآمر ومهاجمة المدنيين وقتل أكثر من ثلاثة آلاف منهم والإرهاب واتهامات أخرى. ويواجه المتهمون عقوبات الإعدام في حال إدانتهم التي يقول مراقبون أنها مؤكدة. ومن المقرر أن تجرى جلسة الاستماع في قاعة أقيمت داخل عنبر كبير, أحيط بسياج, وقد جهزت بشكل يسمح للقاضي بمنع الحضور -الذي سيتابع المحاكمة عبر الشاشة في قاعة مجاورة- من الاستماع للمداولات إذا ما تناولت أمورا سرية. وقال المسؤول البارز في المحكمة الجنرال توم هارتمان إن شيخ محمد تفاخر بالهجمات والتخطيط لهجمات على الولاياتالمتحدة لدى مثوله أمام محكمة عسكرية العام الماضي، مشيرا إلى أن شيخ محمد والمعتقلين الأربعة الآخرين سيمنحون فرصة أخرى للإدلاء بأقوالهم أمام المحكمة. وأعلنت السلطات الأميركية أن شيخ محمد اعترف بأنه نظم نحو ثلاثين هجوما أو مشاريع هجمات لا سيما هجمات سبتمبر. وندد شيخ محمد خلال جلسة استماع مغلقة في مارس/آذار 2007, نشر البنتاغون مقتطفات منها بتعرضه للتعذيب, فيما رفض ابن الشيبة المشاركة في المحاكمة, كما اعترف عطاش والحوصوي بالتهم الرئيسية الموجهة إليهما, أما عبد العزيز علي فنفى أي صلة له بالإرهاب. وكان شيخ محمد أحد ستة معتقلين في غوانتانامو اتهموا بالتورط مباشرة في الهجمات التي أدت إلى قتل نحو ثلاثة آلاف شخص عندما صدمت طائرات مبنى مركز التجارة العالمي في نيويورك ومبنى وزارة الدفاع وحقلا في بنسلفانيا عام 2001.
