قالت مصادر مطلعة في القاهرة إن الخلافات والخصومات بين قيادات مؤتمر القاهرة خرجت إلى العلن بسبب مخرجات مؤتمر القاهرة المنعقد في نوفمبر 2011م والذي أقر نظام فيدرالي في اليمن بين الجنوب والشمال تحت سقف الوحدة ، حيث يكون هناك اقليم جنوبي وأخر شمالي . وبلغت تلك الخلافات ذروتها باتهام وجهه الرئيس الجنوبي الاسبق علي ناصر محمد ، لرفيقه المهندس حيدر بوبكر العطاس (رئيس وزراء اليمن الاسبق ) في حديث لأسبوعية الوسط اليمنية بخروج الاخير عن الاتفاق الموقع في القاهرة وقبوله بمشروع متعدد الاقاليم باليمن ، على أن يكون من نصيب العطاس رئاسة اقليم حضرموت. وكان رفيقهم السابق محمد علي أحمد قد انسحب من مؤتمر القاهرة عام 2011، وعاد إلى اليمن مطلع العام 2012 م ، معتبراً أن سبب انسحابه يأتي بعد تعرضه لخديعة من قبل ناصر والعطاس الذي قال أنهم وعدوا بالعودة إلى اليمن بعد عودته مباشرة وهو الامر الذي لم يفي به الطرفين ، مما دفع "بن علي " إلى تشكيل مؤتمر شعب الجنوب مع رجل الاعمال العماني أحمد بن فريد الصريمة كبديل للعطاس وناصر وبعدها قرر المشاركة في مؤتمر الحوار الوطني بصنعاء. خلافات تلك القيادات ليس حول نمط الفيدرالية أو تعدد الاقاليم حسبما قال مصدر مقرب من ناصر بل حول أنه كان يطمح أن يكون رئيساً لليمن بعد انتهاء فترة الرئيس الانتقالي عبدربه منصور هادي أو على أقل تقدير رئيساً لإقليم الجنوب ولكن التغييرات التي طرأت والاتفاقات السرية بين محمد علي والرئيس هادي من جانب والعطاس والرئيس هادي من جانب أخر حول الاقاليم وموافقتهم على ذلك وكذلك التأكيد على إجراء الانتخابات بعد المرحلة الانتقالية 2014 وبضغوط امريكية غربية على إعادة انتخاب "هادي" رئيسا للفترة المتبقية ، تلك الاتفاقيات قضت على آخر الآمال ل"ناصر" بالعودة كرئيس لليمن وانهاء مشروع الاقليمين الشمالي والجنوبي. تبيان رؤى قيادات مؤتمر القاهرة كشفت حقيقة تقديم معظم القيادات الجنوبية لمصلحة الوطن العليا وجذرت لديهم القناعة بأن يأتوا للمشاركة في بناء اليمن الموحد ، بعيدا عن مشاريع التفتيت والتقسيم وغيرها.