استنكرت جامعة الإيمان ما سمتها حملات الجهات المغرضة عبر وسائل إعلام مختلفة ضد أمر وزارة المالية بصرف مستخلص مالي للمقاول الذي ينفذ مشروع بناء مسجد الجامعة. وقالت الجامعة في بيان لها,إنه نظرا لاستمرار حملات التشوية ضدها فإنها تؤكد على" إن جامعة الإيمان هي مؤسسة تعليمية خيرية إسلامية تقدم التعليم المجاني للطلبة الملتحقين بها ، إضافة إلى ما يتيسر من الخدمات : ( سكن ، تغذية ، مواصلات وغيره) وقد تخرج من الجامعة الآلاف من أبناء الشعب اليمني من حملة الإجازة العالية ( البكالريوس) والمئات من حملة المشيخة ( الماجيستير) والعشرات من حملة الدكتوراه المبتعثين للخارج ومازالت الجامعة مستمرة في رسالتها هذه والفضل في كل ذلك لله تعالى". واوضحت الجامعة أن رئيس الجمهورية السابق زار الجامعة في 2006م ، ووجه بإستكمال بناء مسجد الجامعة على نفقة الدولة,بمذكرة رقم ( 3507) وتاريخ 72 / 8/ 2006م ، وقد وجه رئيس الوزراء الأسبق كلا من وزير المالية ووزير الأوقاف بتنفيذ المذكرة وإستكمال بناء المسجد على نفقة الدولة ، وذلك بمذكرة رقم ( رو/ 16/ 3317) وبتأريخ 28 / 8/ 2006م . وأكدت الجامعة على أن التوجيه ببناء مسجد الجامعة على نفقة الدولة هو جزء من واجب الدولة شرعا ودستورا تجاه التعليم الشرعي في اليمن والذي تقوم الجامععة بدور مشهود فيه ولا يمكن لأي شخص أن ينكر ذلك. وأشارت إلى أنها قامت عقب صدور التوجيه السابق بالتوقف عن جمع واستقبال التبرعات المخصصة لبناء المسجد والتي كان من شانها أن تغطي نفقات البناء. وخلص البيان إلى استنكار مطالبة بعض الجهات المشبوهة للحكومة بالتوقف عن تمويل إستكمال بناء المسجد بحجة أن الأمر بإستكمال بناءه صدر من رأس النظام السابق ، مؤكدة على عدم وجود أي سند قانوني لهذه المطالبة التي استهدفت فقط الأمر باستكمال بناء مسجد جامعة الإيمان دون سائر الأوامر والتوجيهات الصادرة من الرئيس السابق . وطالب البيان الحكومة بالعمل على استكمال بناء المسجد الذي لم يبنى منه حتى الآن سوى بعض الإنشاءات. وذكر البيان من يقف ضد استكمال بناء الجامع بقوله تعالى : ( ومن أظلم ممن منع مساجد الله أن يذكر فيها اسمه وسعى في خرابها أولئك ما كان لهم أن يدخلوها إلا خائفين) بحسب البيان الصادرة عن العلاقات العامة للجامعة.