قال اللواء محمود قطري، الخبير الأمني، إن ظهور خلايا تابعة لتنظيم القاعدة في مصر، يرجع إلى الانفلات الأمني الذي تعاني منه البلاد منذ قيام ثورة يناير، مشددا على أن نظام مبارك لم يشهد ظهور تلك الجماعات والخلايا بسبب تشديد القبضة الأمنية. وأوضح قطري في تصريح صحفي أن سيطرة الإسلاميين على مقاليد الحكم في مصر وتونس شجع الجماعات الجهادية والإرهابية على معاودة نشاطها مرة أخرى، مضيفا أن أداء وزارة الداخلية المتخاذل شجع هذه الجماعات على دخول مصر مؤخرا. وتوقع الخبير الأمني، أن تستمر خلايا تنظيم القاعدة في عملها داخل مصر، في حال لم تستعيد وزارة الداخلية وجهاز الأمن الوطني السيطرة على الوضع الأمني، لافتا إلى أنه من الناحية التاريخية خرجت كل الجماعات الإسلامية والإرهابية من رحم جماعة الإخوان المسلمين التي تحكم مصر الآن، على حد قوله. يذكر أن جهاز الأمن الوطني ألقى القبض على 3 أشخاص ينتمون لتنظيم القاعدة وبحوزتهم 10 كيلوجرامات من من مادة نترات الأمونيوم التي تستخدم في تصنيع المواد المتفجرة وجهاز كمبيوتر يحتوي على ملفات حول تصنيع المواد المتفجرة والدوائر الإليكترونية وتصنيع طائرة صغيرة ورسم هندسي لكيفية تصنيع القاذف وعدد من البيانات الصادرة عن تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي، كما تم ضبط عدد 3 ذواكر حاسوب تحتوي على معلومات حول طرق تحضير العبوات المتفجرة وتصنيع الصواريخ ومعلومات حول أساليب جمع المعلومات والاستخبارات ، واعترف المتهمون بانتمائهم لتنظيم القاعدة، وأقروا بأنهم كانوا يستعدون لتنفيذ عمليات انتحارية في عدد من الأماكن الحيوية. كما كشفت المعلومات عن تلقي أحد العناصر تدريبات عسكرية على يد عناصر من تنظيم القاعدة في دولتي إيرانوباكستان، كما أنه مختلط بعناصر تنظيم القاعدة في الجزائر وتبين أيضاً من تواصل العناصر التي تم ضبطها إليكترونياً ببعض عناصر تنظيم القاعدة في باكستان والارتباط بأحد العناصر المسؤولة عن استقبال العناصر الإرهابية على الحدود التركية وتخطيطهم لتنفيذ عملية انتحارية كانت على وشك إتمامها ضد إحدى السفارات الأجنبية في البلاد وترشيحهم للمتهم محمد مصطفى محمد إبراهيم للقيام بتلك العملية الانتحارية. الجدير بالذكر انه منذ أن تولى الاخوان المسلمون حكم البلاد، تم القبض على عدد من التشكيلات الإرهابية والجهادية التي استهدفت مناطق حيوية مثل قناة السويس، وبعضها كان هدفه ضرب بنية الدولة عن طريق استهداف الأقباط، كي يصل الصراع الطائفي إلى نقطة اللاعودة. ففي 11 مايو 2013، ألقى قطاع الأمن الوطني القبض على ثلاثة أشخاص ينتمون إلى تنظيم القاعدة، بحوزتهم عشرة كيلو جرامات متفجرات من مادة نيترات الأمونيوم معدة للتفجير، كانوا يستعدون لتنفيذ عمليات انتحارية في عدد من الأماكن الحيوية والهامة. وفي السادس من يونيو 2012، تم إلقاء القبض على مجموعة إرهابية تتكون من سبعة أفراد، أثناء تسللهم إلي المجرى الملاحي لقناة السويس من جانب سيناء في منطقة الجناين، وضُبط معهم عدد من الأسلحة الآلية من بينها قاذف صواريخ، وخرائط تفصيلية لقناة السويس وخط سير الرحلات والقوافل العابرة لها، وجهاز لاب توب عليه صور ومقاطع فيديو للقناة وللسفن العابرة. وأخيرا نجحت أجهزة الأمن في نوفمبر 2012 في القبض على الخلية الإرهابية التي عُرفت إعلاميا باسم «خلية مدينة نصر»، التي اعترف أعضاؤها بأنهم خططوا لعدة عمليات، أبرزها التوظيف العسكري لمدن القاهرةوالسويس والإسكندرية وبورسعيد والإسماعيلية، وضرب بنية الدولة عن طريق استهداف الأقباط، عن طريق التركيز على خطف وقتل الرموز والرؤوس القبطية وأماكن الأقباط المفضلة للتجمع.