أعلنت الحكومة الباكستانية السبت رفضها لمشاركة أي أطراف خارجية في التحقيقات الجارية حول اغتيال رئيسة الوزراء السابقة بينظير بوتو، معربة في الوقت نفسه عن استعدادها لتشريح جثة زعيمة المعارضة الباكستانية، في حالة إذا ما طلب حزب "الشعب" ذلك. وقال الناطق باسم وزارة الداخلية الباكستانية، جاويد إقبال شيما، في تصريحات للصحفيين السبت: "هذه ليست قضية تتعلق بجريمة عادية"، مضيفاً إنها "قضية تتعلق بجريمة إرهابية." وجدد المتحدث الباكستاني اتهام تنظيم "القاعدة" وحركة "طالبان" بالوقوف وراء اغتيال رئيسة الوزراء السابقة، التي قضت بهجوم انتحاري الخميس، أثناء مشاركتها في مؤتمر انتخابي مع أنصارها، استعداداً للانتخابات البرلمانية المقررة بداية الشهر المقبل. قال شيما إن خيوط الجريمة توجد في منطقة "وزيرستان" الواقعة جنوبي باكستان، قرب الحدود مع أفغانستان، والتي ينشط بها مسلحون موالون لحركة "طالبان" الأفغانية وتنظيم "القاعدة"، في إشارة إلى تورطهما في اغتيال بوتو.وأضاف قائلاً: "نحن نتفهم طبيعة الوضع في الداخل الباكستاني أكثر من أية أطراف خارجية أخرى، سلطات سكوتلانديارد لا يمكنهم تولي التحقيقات في وزيرستان، فهم لا يعرفون طبيعة الباشتون جيداً." وكان الناطق باسم الداخلية الباكستانية قد ذكر في وقت سابق: "لدينا معلومات استخباراتية تُفيد بأن بيت الله محسود زعيم القاعدة في باكستان، وراء اغتيال بوتو"، حيث يُعد ومحسود أحد أكثر زعماء المتشددين المطلوب اعتقالهم في باكستان. وفي مواجهة اتهامات متزايدة للحكومة الباكستانية بأنها تتعمد "التعتيم" لعدم كشف الحقائق الخاصة باغتيال رئيسة الوزراء السابقة، أعرب المتحدث باسم وزارة الداخلية عن استعداد الحكومة لتشريح جثة بوتو، للرد على هذه الاتهامات. وكان الآلاف من أنصار زعيمة حزب "الشعب" قد وجهوا أصابع الاتهام إلى الحكومة الباكستانية، ورددوا شعارات تندد بالرئيس برفيز مشرف، وتصفه ب"بالجنرال القاتل"، كما تعالت الدعوات المطالبة بالقصاص من القتلة، وسط أجواء مشحونة خيمت على الآلاف من أنصارها. وبينما قال شيما إن زعيمة المعارضة قضت نتيجة اصطدام رأسها بمقبض فتحة سقف السيارة، وهى تحاول الاحتماء داخلها عند وقوع الانفجار، فقد ناقضت مساعدة بارزة لرئيسة الوزراء الراحلة تلك الرواية، مشددة على أن بوتو أصيبت بطلق ناري في الرأس. ووصفت السكرتيرة الصحفية لحزب الشعب الباكستاني، شيري رحمن، مزاعم الحكومة بأن بوتو قضت بتحطم جمجمتها إثر اصطدام رأسها بسقف سياراتها، بأنه "الأكثر غرابة، وهراء خطير"، مضيفة قولها: "من الواضح أنهم يريدون التملص من كافة المسؤوليات". وتتناقض تصريحات شيما مع ما نقلته وكالة الأنباء الباكستانية الرسمية عن الوزارة في وقت سابق، بأن شظية من انفجار قنبلة أودت بحياة بوتو، إلى جانب أكثر من 20 آخرين، فضلاً عن إصابة 100 على الأقل بجراح. وأعلنت وزارة الداخلية الباكستانية في وقت سابق أيضاً، أن طلق ناري أصاب بوتو في عنقها أدى إلى وفاتها، كما أظهرت مقاطع شريط فيديو للحادث، كشفت عنه إسلام أباد، شخصاً وهو يطلق ثلاثة أعيرة نارية من مسدس بإتجاه سيارة بوتو، قبل وقوع انفجار. إلى ذلك، أشارت الحكومة الباكستانية إلى الزعيم القبلي في مناطق جنوبي البلاد والمرتبط بتنظيم القاعدة، بيت الله محسود، كمشتبه رئيسي في اغتيال بوتو. ومن جانبه أيد مسؤول أمريكي بارز اتهامات إسلام أباد، قائلاً: "هناك معلومات تقودنا للاعتقاد بأنه (محسود) هو الشخص المسؤول." واستطرد المسؤول الأمريكي أن محسود كان يسعى لاقتناص بوتو "منذ فترة من الوقت" واصفاً إياه ب"أحد اللاعبين الكبار" وراء اغتيالها. إلا أن الناطق باسم محسود نفى مزاعم إسلام أباد بتورطه في اغتيال بوتو، واصفاً إياها ب"الدعاية الحكومية." وقال الملا محمد عمر في حديث لوكالة الأسوشيتد برس: "ننفى بشدة مزاعم تورط محسود في اغتيال بوتو." كما زعمت وكالة الأنباء الرسمية في باكستان الجمعة، أن تنظيم القاعدة تبنى مسؤولية اغتيال بوتو، إلا أنه لم يتسن لCNN التأكد بصورة قاطعة أو مستقلة من تلك المزاعم.