بدأ الاستئصال السياسي عقب الانقلاب الذي أطاح بالرئيس المصري محمد مرسي؛ حيث رفضت حركة "تمرد" أن يكون من حق حزب النور قبول أو رفض رئيس الوزراء الجديد. يشار إلى أن حزب النور شارك في الاجتماع الذي دعا إليه الجيش؛ من أجل الترتيب للإطاحة بمرسي. وقال محمد عبد العزيز – مسئول الاتصال السياسي بحركة تمرد – على فضائية دريم اليوم الأحد: إن "حزب النور لم يشارك في هذه الثورة، وليس من حقه اختيار رئيس الوزراء، وعليهم التوافق سريعًا حول شخصية رئيس الوزراء", وفقًا لصحيفة الشروق. وكان الحزب قد تعرض لانتقادات حادة وانشقاقات بسبب مشاركته للمعارضة العلمانية والجيش في الانقلاب على الشرعية. وزعم القائمون على الانقلاب أنه لا إقصاء لأحد من التيارات السياسية، مؤكدين ضرورة التوافق بينهم على خريطة المستقبل. وثارت ثائرة القوى العلمانية بعد استبعاد الدكتور محمد البرادعي من رئاسة الوزراء. وانتقد الكاتب اليساري علاء الأسواني اعتراض السلفيين على البرادعي قائلاً: "هل خرجنا من حكم الإخوان إلى حكم السلفيين؟". واستنكر الأسواني في تغريدة له على تويتر تراجع ما أسماه ب"الرئاسة" عن تكليف البرادعي؛ نزولاً على رغبة حزب النور. من جهته, قال الفنان "عمرو واكد": إن «سحب الحكومة من البرادعي لإرضاء (حزب النور) الذي يجلس شبابه في ميدان رابعة العدوية شيء مخزٍ لأي ثورة». وأضاف «واكد» عبر حسابه الخاص على «تويتر» الأحد: «لا تعيدوا أخطاء الماضي بأنصاف ثورة، وعلى (حزب النور) أن يعي أن الكهرباء من الممكن أن تقطع في أي وقت», على حد تعبيره. أما الدكتور محمد العدل – عضو جبهة التيار الشعبي – فقد زعم أن حزب «النور» يبتز ما أسماهم بالثوار، وأنه لم يتعلم من أخطاء الماضي، وسنخسر جميعًا, على حد قوله. كما استنكر أحمد خيري – الناشط السياسي والمتحدث السابق باسم حزب المصريين الأحرار – رفض حزب "النور" السلفي تعيين الدكتور محمد البرادعي رئيسًا للحكومة الانتقالية. وكتب خيري عبر حسابه على "تويتر": "لن نقبل التراجع عن تكليف البرادعي، لن نرضخ لمجموعة لا وزن لها.. الثورة تحكم"، على حد وصفه. وكان حزب النور قد اعترض على تولي البرادعي لرئاسة الحكومة، وهدد بالانسحاب من العملية السياسية. وانتقد الحزب كذلك الإعلان الدستوري الأول الذي أصدر عدلي منصور، وأكد أنه تم في معزل عن التشاور مع القوى السياسية.