أنشأت جماعة الحوثي 480 معتقلاً سرياً في المحافظات الخاضعة تحت سيطرتهم، بهدف إخفاء السجناء الذين تم اعتقال معظمهم قسرياً، وذلك بحسب تقرير حديث للجنة الوطنية لحقوق الإنسان في اليمن. وقال التقرير أن السجناء يتعرضون لأنواع قاسية من التعذيب تصل بعضها إلى التعذيب بالحرق والإعدامات الصورية. وأشار التقرير، إلى أن الميليشيات حوّلت عدة مباني حكومية وأهلية إلى معتقلات، إذ حوّلت نحو 227 مبنىً حكومياً، و27 مؤسسةً طبيةً، و49 جامعةً، و99 مدرسةً، و25 نادياً رياضياً، و47 مبنىً قضائياً، و10 منازل إلى سجون سرية. وضمنت اللجنة تقريرها نحو 16804 حالات اعتقال تعسفي وتعذيب وإخفاء قسري، ارتكبتها جماعة الحوثي بحق مدنيين، وأثبتت عدة منظمات دولية منها منظمة العفو الدولية في تقاريرها، حالات الاعتقال التعسفي والإخفاء القسري التي مارستها الميليشيات بحق اليمنيين. وبحسب الزيارات الميدانية التي قامت بها فرق اللجنة الوطنية لحقوق الإنسان في اليمن، لبعض السجناء الذين أطلق سراحهم بعد اعتقالهم تعسفياً، فإنهم يعانون أحوالاً نفسية وصحية سيئة، بسبب قسوة التعذيب الذي تعرضوا له، وكانوا في أحيان كثيرة على مشارف الموت فعلياً. وقال السجناء المفرج عنهم لفرق اللجنة إن جماعة الحوثي أجبروهم على الاعتراف بتهم وجرائم لم يقوموا بارتكابها. وأخضعت جماعة معتقلاتها السرية لحراسات مشددة دون السماح لأي شخص بالدخول إليها عدا القائمين على السجون، بسبب وضعها كبار المعتقلين والمختطفين قسرياً، بحسب تصنيف مسلحي مليشيا الحوثي في السجون. وعمدت جماعة الحوثي إلى إخفاء هويّات المشرفين على السجون والمعتقلات التابعة لهم، إذ تتعامل الجماعة مع مشرفي السجون ب “الألقاب”، بهدف منع التعرف عليهم مستقبلاً. وأجبر الحوثي 99 في المئة من المعتقلين الذين تم الإفراج عنهم خلال فترة التقرير، على كتابة تعهدات خطية والتوقيع على أوراق تقضي بمنع المعتقل من مزاولة أي نشاط سياسي أو حقوقي أو عالمي أو اجتماعي، أو أي نشاط يناهض فكرة التوسع المسلح لميليشيا الحوثي وصالح، وأنه حال مخالفة هذه التعهدات، فإن الميليشيا لها الحق في إهدار دم المعتقل أو قتل أسرته أو مصادرة أمواله وممتلكاته. وتقوم ميلشيا الحوثي باختطاف الأطفال من المدارس دون معرفة أهاليهم والزج بهم إلى مسرح العمليات العسكرية، حيث قامت قوات تحالف دعم الشرعية في اليمن أخيراً، بتسليم 52 طفلاً جندوا على الحدود اليمنية السعودية من قبل الميليشيات الحوثية، بعد عمل منسق مع عدد من المنظمات الدولية منها ( الصليب الأحمر واليونيسيف).