بعد مقتل رئيس تنظيم القاعدة أسامة بن لادن عين الظواهري خلفا لاسامة بن لاد نبعد ما كان ثاني أبرز قياديي منظمة القاعدة العسكرية التي تصنفها معظم دول العالم كمنظمة إرهابية من بعد أسامة بن لادن، وزعيم تنظيم الجهاد الإسلامي العسكري المحظور في مصر. ان عضو في خلية سرية تكونت سنة 1968. وظهر لدى القبض عليه في 23 أكتوبر 1981 أنه وصل إلى درجة أمير التنظيم ومشرفا على التوجيه الفكري والثقافي لحركة الجهاد والجماعة وبحلول سنة 1979، انضم الظواهري إلى منظمة الجهاد الإسلامي وانتظم فيها إلى أن أصبح زعيم التنظيم ومن المسؤولين على تجنيد الدماء الجديدة في صفوف التنظيم. وحينما اغتال خالد الإسلامبولي الرئيس المصري الراحل محمد أنور السادات، نظمت الحكومة المصرية حملة اعتقالات واسعة وكان الظواهري من ضمن المعتقلين، إلا أن الحكومة المصرية لم تجد للظواهري علاقة بمقتل السادات وأودع الظواهري السجن بتهمة حيازة أسلحة غير مرخصة. في سنة 1985 أفرج عنه فسافر إلى المملكة العربية السعودية ليعمل في أحد المستشفيات ولكنه لم يستمر في عمله هذا طويلا. و بعد ذلك سافر إلى باكستان ومنها لأفغانستان حيث التقى أسامة بن لادن وبقي في أفغانستان إلى أوائل التسعينات حيث غادر بعدها إلى السودان ولم يغادر إلى أفغانستان مرة ثانية إلا بعد أن سيطرت طالبان عليها بعد منتصف التسعينات. اصبح في عام 2011 رئيس تنظيم القاعده الرئيسي خلفآ لأسامه بن لادن الذي قتل على يد الجنود الامريكيين في نفس العام. رصدت الحكومة الأمريكية مكافأة تقدّر ب 25 مليون دولار لمن يدلي بمعلومات تؤدّي إلى القبض عليه بعد أن كانت المكافأة 5 ملايين دولار. سيرة ذاتية : ولد أيمن الظواهري في مدينة كفر الدوار في محافظة البحيره في 19 يونيو 1951. الده الدكتور من أشهر الأطباء المصرين للامراض الجلدية، وجده من والده الشيخ محمد الظواهري أحد شيوخ الأزهر، وهو شيخ الظواهرية، وهي فخذ من قبيلة النفيعات التي تنتسب إلى نافع بن ثوران بن عوف بن ثعلبة من طيء. أما جده من والدته فهو عبد الوهاب عزام من رجال الأدب بمصر في مرحلة ما قبل ثورة 1952، وعم أمه هو عبد الرحمن عزام أول أمين عام للجامعة العربية،[1] وله خالان ومن اقرب الناس له عمه محمود الظواهري دكتور الامراض في العين العالمي أحمد عبد العزيز أبو الفضل عاش ايمن الظواهرى في قرية الرزيقات بمركز ارمنت محافظة الاقصر لفترة طويلة استطاع نشر افكاره خاصه ان معظمهم ينتمى للفكر السلفى ,أقيم حفل زفافه في أحد فنادق القاهرة سنة ميلاديه1985.. درس الطب وحصل على ماجستير جراحة من جامعة اسيوط سنة 1978 ثم تابع الدراسة في الباكستان ليحصل على درجة الدكتوراة من مدرسة الهدى في بيصور. والان هو في جيش القاعده.
