تتلخص مشكلة القضية الجنوبية في عدة نقاط ساهمة في خلق المشكلة وتفاقمها.. أولا.. قيادات الحزب الإشتراكي التي وقعت على الوحدة كانت تضمر في نفسها أنه بعد التوقيع على الوحدة سيتم التغلغل والسيطرة على كل مفاصل الدولة بحيث يكون الوجود الأول والأخير هو للاشتراكي.قابله نفس الإضمار من الشر في نفس الطرف الشمالي في قيادات المؤتمر الشعبي العام الموقع أيضا على الوحدة.. ونستطيع تلخيص إضمار نية السوء في كلا الجانبين في شخصية علي سالم البيض..وعلي عبدالله صالح.. بصفتيهما القيادية.. ومن هنا كانت بداية المشكلة.. بعد توقيع الوحدة من عام تسعين وحتى قيام الحرب في عام 94م ساد جو من عدم الثقة بين كافة الأطراف المشتركة في العملية السياسية نتيجة للنية المضمرة في نفوس الحكام السابقين لكلا الشطرين كان نتيجة النية السيئة المبيتة بين الطرفين أن تحولت الوحدة إلى صراع خفي ظهرت للسطح بمرور الوقت وكانت أشبه بحرب باردة بدأت أطرافها باستقطاب الحلفاء داخليا من كافة المستويات السياسية والقبلية ظهرت بوادر هذه الحرب باختلاف القيادتين في كلا الحزبين الاشتراكي والمؤتمر ثم إنتهى هذا الخلاف بتوقيع وثيقة العهد والاتفاق بين القيادتين بمشاركة الإشقاء ومباركة الداخل بكافة أطيافه وأستبشر الناس خيرا، ولكن كما قلنا النية السيئة المبيتة لدى القيادتين أشعرت كل طرف بأنه خسران أمام الآخر..وظهر الخلاف مجددا وهذه المرة مصحوبا بطبول الحرب وما هي إلا أيام حتى إعلان الانفصال وعلى إثره أعلنت الحرب ...وكل طرف حشد حلفاءه للمعركة، أستطاع طرف الحكم في الشمال بقيادة الرئيس السابق أن يحشد لمعركته أكبر قدر من الحلفاء من الشمال والجنوب من أحزاب سياسيه وقبائل وقيادات عسكريه، ولقد كان لقبائل الجنوب الفضل الأكبر في تمكين قوات الوحدة من الانتصار غلى قوات الانفصال وبانتصار قوات الوحدة طويت صفحة وفتحت صفحة أخرى في تاريخ اليمن والقضية الجنوبية خصوصا، بداء النظام الجديد المتشكل بعد الحرب بالتخلص من جميع شركاءه غلى طريق إزاحة كل الخصوم وإفساح الطريق أمام تشكل نظام جديد يسعى إلى توريث الحكم والسيطرة غلى كل مفاصل الدولة، فبداء المؤتمر الشعبي العام بممارسة سياسة الإقصاء ضد شريكة في الحرب التجمع اليمني للإصلاح..، بلغة هذه السياسة ذروتها بخروج الإصلاح إلى صفوف المعارضة، في عام97 وتفرد المؤتمر الشعبي العام بالحكم حتى سقوط نظام المخلوع في غام2011 بثورة شعبية أطاحت بحكمه كحزب، ي الفترة مابين 94-97قبل خروج الإصلاح إلى صفوف المعارضة، مارس النظام الحاكم في حق الجنوب سياسة وثقافة المنتصر وعلى أساس هذه السياسة تم التعامل مع الجنوب أرضا وشغبا كغنيمة حرب تم توزيعها من قبل النظام الحاكم ممثلا بالرئيس السابق شخصيا للمقربين من حوله بهدف شراء ولاءاتهم من أجل تكريس نظامه وتثبيت أركان حكمه. وخلال هذه الفترة كان الإصلاح أول حزب سياسي ينادي بمعالجة آثار الحرب استشعارا بالمسؤولية الأخلاقية تجاه إخواننا في الجنوب بغد الحرب وبصفته حزبا وطنيا مشارك في الحكم بعد الحرب، لكن الذي حصل أن شريكه في الحكم المؤتمر الشعبي العام، لم يكن حزبا مؤسساتيا حتى يتم التعامل مع مطالب الشركاء غلى أساس المصلحة الوطنية لقد كان هذا الحزب يتحول شيئا فشيئا بغد الوحدة إلى حزب أسري خالص فكان من يملك قراره هو الرئيس المخلوع فكان قراره يخضع لرغبته الشخصية، تأزمت العلاقة بين الإصلاح وبين المؤتمر ممثلا بالرئيس السابق، تجاه غدة قضايا كان أولها القضية الجنوبية ومعالجة آثارها ..وكان نتيجة هذا الخلاف أن بداء الرئيس المخلوع سياسة التخلص من الخصوم الجدد ممثلا بالإصلاح بغد الحرب..انتهت هذه السياسة بخروج الإصلاح إلى المعارضة وإلغاء المعاهد العلمية التي كانت تمثل المعقل الرئيسي للإصلاح وإنتاج الجيل التربوي الصلب الذي يمتلك المعرفة الحقيقية بالإسلام..وهكذا بدأت القضية الجنوبية تأخذ شكلا جديدا من أشكال الصراع مع النظام الجديد الحاكم كحزب وحيد لليمن المؤتمر الشعبي العام...