هددت "المنظمة الصهيونية في أمريكا" بمقاطعة جامعة برانديس الأمريكية التي تحظى برعاية يهودية بسبب تعيينها أكاديميا فلسطينيا تزعم أنه على علاقة بحركة الجهاد الإسلامي في فلسطين التي تصفها بالإرهابية. ودعت المنظمة الصهيونية، ومقرها واشنطن، في بيان : "المتبرعين والممولين اليهود وغير اليهود إلى إعادة التفكير بشأن الدعم المالي الذي يقدمونه إلى جامعة برانديس إذا فشلت الجامعة في إعادة النظر بشأن تعيينها أستاذ العلوم السياسية الفلسطيني خليل الشقاقي". وتم تعيين الشقاقي -وهو محلل مشهور متخصص في شئون الشرق الأوسط- مؤخرا أستاذا مشاركا في مركز كراون لدراسات الشرق الأوسط بالجامعة في وولثام بولاية ماسشوستس. ويُنظر إلى هذه الجامعة باعتبارها المعهد الأمريكي الرئيسي للتعليم العالي. وتزعم "المنظمة الصهيونية في أمريكا" أن الشقاقي كانت له منذ أكثر من 10 سنوات روابط بحركة الجهاد الإسلامي التي كان شقيقه الراحل زعيما لها، والتي تضعها الولاياتالمتحدة على قائمة المنظمات الإرهابية بسبب عملياتها المسلحة ضد الاحتلال الإسرائيلي. ويقول منتقدو التعيين: إن حركة الجهاد كانت مسئولة عن تفجير -وصفته المنظمة بالإرهابي- في عام 1995 بإسرائيل، وتسبب في مقتل أليسا فلاتو وهي خريجة بجامعة برانديس. وينكر الشقاقي والمدافعون عنه -ومن بينهم علماء مؤيدون لإسرائيل- أي مشاركة له في أنشطة تتعلق بالإرهاب. وقال شاي فيلدمان، وهو أستاذ إسرائيلي يرأس مركز كراون ورتب لتعيين الشقاقي بالمركز: "لا يوجد شيء مما أعلمه عن الشقاقي يتسق مع هذه المزاعم، علينا أن نثق في تنفيذ القانون الأمريكي؛ فخليل لم يُتهم بشيء على الإطلاق في السابق". وحثت المنظمة الصهيونية -التي تصف نفسها بأنها أكبر حامل راية للصهيونية الأمريكية- في خطاب وجهته إلى رئيس جامعة برانديس البروفيسور جيهودا رينهارتز، على فصل الشقاقي. وجاء في نص الخطاب : "إنه لمن المحزن أن يتم تعيين الشقاقي، والذي كان معروفا بارتباطه برموز متورطة مع حركة الجهاد الإسلامي في مركز تعليمي رفيع تعهد بتقديم دراسات الشرق الأوسط بتوازن أكبر ودقة شديدة من قِبل علماء مناسبين. ونحن نحثكم على إعادة النظر في هذا التعيين في ضوء أنشطة الشقاقي المعروفة بكونها مقلقة جدا". وادعت المنظمة أنه قد برزت أدلة على سلوك الشقاقي من خلال التحقيقات التي أجريت مع الأستاذ الجامعي سامي العريان في فلوريدا، والمتهم بإدارة الجناح الأمريكي لحركة الجهاد، بيد أن المنظمة لم توضح ماهية تلك الأدلة. ووقع على الخطاب الرئيس الوطني للمنظمة الصهيونية في أمريكا مورتون كلاين، ورئيس مجلس المديرين الدكتور مايكل جولدبات، ورئيس اللجنة الوطنية التنفيذية الدكتور ألان مازوريك، ومدير مركز سياسات الشرق الأوسط التابع للمنظمة الصهيونية في أمريكا. في المقابل، نفت جامعة برانديس وجود أي أدلة حتى الآن على إدانة الشقاقي، مشددة على أنه بريء حتى يثبت عكس ذلك. وقال ديفيد نيثن، المتحدث الرسمي باسم الجامعة لصحيفة الشرق الأوسط الصادرة في لندن: "إن العمل النقدي لمركز كروان يهدف إلى فتح حوار حقيقي بين العلماء والطلبة الفلسطينيين وبين اليهود". وشدد على أن الشقاقي يتمتع بسمعة عالمية كبيرة في الرأي العام الفلسطيني، وله كتب تدرس في جامعات كثيرة منها جامعة بير زيت وجامعة ويسكنسوس في ميلواكي، كما كان أستاذا زائرا في معهد بروكنجز في واشنطن عام 2002. كما كان الشقاقي -بحسب نيثن- محاضرا زائرا في معهد واشنطن لسياسة الشرق الأدنى في واشنطن، والذي يعتبر امتدادا لمنظمة إيباك كبرى جماعات اللوبي الإسرائيلي السياسي في الولاياتالمتحدة. وتحدث مؤخرا في بالم بيتش بولاية فلوريدا نيابة عن الجامعة العبرية.