عبرت الهيئة الوطنية العليا لمكافحة الفساد في مذكرة وجهتها إلى دولة رئيس الوزراء الدكتور علي محمد مجور عن اعتراضها على قرار إنشاء الإدارة العامة لمباحث الأموال العامة التابعة لوزارة الداخلية والذي اعتبرته تعدياً صريحاً وواضحاً لما تتمتع به الهيئة من مهام واختصاصات وصلاحيات وسلطات أنطيت بها دون غيرها بمقتضي أحكام قانون مكافحة الفساد والذي جاء تلبية للاتفاقية الدولية لمكافحة الفساد ومطلباً وطنياً . واعتبرات أن أنشاء هذه الإدارة ليس له ما يسوغه بعد صدور قانون مكافحة الفساد رقم (39) لعام 2006م والذي بمقتضاه وتنفيذا له تم إنشاء الهيئة الوطنية العليا لمكافحة الفساد وذكرت الهيئة في مذكرتها أن إنشاء كيان موازٍ لها يقوم بنفس المهام فيه تعطيل لأحكام قانون مكافحة الفساد وإعفاء للهيئة من تنفيذه ومعلوم أن المادة (120) من الدستور تشترط لصدور القرارات الجمهورية واللوائح المنظمة للمصالح والإدارات العامة أن لا يكون في أي منها تعطيل لأحكام القانون أو إعفاءها من تنفيذها وكذا المادة (15) من قانون مجلس الوزراء رقم (3) لسنة 2004م التي تحظر على مجلس الوزراء إعداد مشاريع القرارات واللوائح المنظمة للمصالح والإدارات العامة بالمخالفة لأحكام الدستور والقوانين النافذة ، ومن جانب آخر فإن إنشاء مثل هذا النوع من الإدارات دون سبق أخذ رأي الهيئة أو مناقشتها فيه يشكل حرجاً كبيراً للهيئة وتهميشاً بل وتجاهلاً متعمداً لوجودها وإنكاراً لقانون مكافحة الفساد .... الأمر الذي أدى إلى أن تبادر الهيئة بتقديم هذا الاعتراض انطلاقاً من مهامها ومسئولياتها القانونية. وطالبت الهيئة بعدم المضي في المشروع لتعارضه مع صريح نصوص مواد قانون مكافحة الفساد رقم (39) لسنة 2006م مشيرة بان قانون مكافحة الفساد قد أوجب على الهيئة القيام بتقييم التشريعات الوطنية المتعلقة بمكافحة الفساد واقتراح مشاريع تعديلاتها بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة ، وان عليها من باب أولى أن تعمل على تلافي أي شيء من شأنه أن يمس بوجودها..